吴哥城内有十二生肖塔，位于空中宫殿、战象台的东侧，大广场的西侧，由南至北排列（见平面图）。建造年代为1181年-1215年阇耶跋摩七世时期。现场看不到任何生肖石像、雕刻或其它象征物，导游也不知道十二生肖塔名称的来历。为什么叫十二生肖塔？查资料，也未见有此塔与生肖相关的任何记载。有一种说法是台湾人见有十二个塔，称为十二生肖塔，后以讹传讹至今。
当代研究者有几种说法，一是直接引用柬埔寨民间对十二塔的传言——绳索舞人塔，据当地传说，古时候这里是演杂技走绳的，以皮绳横架两塔之间，走绳者手持孔雀羽毛数束，在绳索上边走边做出各种舞蹈动作，故名绳索舞人塔。这个说法被认为是乡野传说不足信。
第二种观点根据塔所处中心位置以及建塔年代在吴哥王朝鼎盛时期，故认为十二塔是国家举行重大庆典活动时，专供达官显贵住宿休息的场所。
第三种说法是十二塔代表当时的十二个省，是各省用来向国王宣誓效忠的誓坛。否定此说者认为塔的形式与祭坛形式相左，况当时的行政区划也不止十二省。
又有认为是庙宇或佛塔的说法，因没有可资提供的证据而普遍不被采信。
此外还有是王室用来装物品的仓库之说，但是在十二塔东边大广场的南北两侧已各有一个大仓库（见平面图），故再建十二塔做仓库似嫌多此一举。
元人周达观《真腊风土记》的记载是又一种说法，“国宫之对岸有小石塔十二座，令一人各坐一塔中，其外两家自以亲属互相堤防。或坐一二日，或三四日。其无理者必获证候而出，或身上生疮疖，或咳嗽热证之类；有理者畧无纎事。以此剖判曲直，谓之天狱，盖其土地之灵有如此也。”从这个记载看，十二塔是官府断案或暂时关押嫌犯等待断案的地方。史学家夏鼐认为《真腊风土记》的说法较为接近事实。
在此顺便说一说那时柬埔寨的刑罚，重罪不用斩首绞刑，而是活埋；其它重罪的惩治有割去鼻子，断其手足，用沸油锅煮其双手等。这些在《真腊风土记》和《明史·真腊传》均有记述。此是题外之话了。
既然史料或研究资料上均无十二生肖塔一说，那么将这十二塔与十二生肖联系在一起是怎么来的？我想这大概是后人根据数字的巧合儿臆造出来的。十二塔本无史料可查，柬埔寨民间正好有十二生肖习俗，而《真腊风土记·正朔时序》里也确实有十二生肖的记述：“十二生肖亦与中国同，但所呼之名异耳”，后人便将两者巧妙联系在一起，于是就有了十二生肖塔的称谓。据研究资料，柬埔寨与占波（越南中部的一个古国）、暹罗（泰国）都有十二生肖习俗，据信是由中国传入，只不过柬埔寨的生肖排序是将鼠移至第十二位，牛成了第一位，其余顺序相同。
直到现在，关于吴哥城里十二塔的功能性质仍没有定论，作为旅游宣传资料，将其说成是十二生肖塔虽为杜撰，却自有其可称道之处，能够便于旅游者记忆联想这就足够了。